Lee Kuan Yew tidak habis-habis menyerang orang Melayu dan agama Islam melalui apa yang dikatakan pendekatan ilmiah dari fikirannya yang sempit dan jaundis. Dia begitu pintar mengenengahkan hujahnya dalam menegakkan prinsip dan falsafah politiknya. Kedudukan orang Melayu di Singapura semakin tersisih dan sering tidak diambil kira oleh pemimpin PAP Singapura. Pendapat ini akan disangkal sekerasnya oleh orang Melayu Singapura.
Jika dahulu sewaktu pemerintahannya, Kuan Yew senantiasa bersikap prejudis terhadap masyarakat Melayu dengan menghapuskan kampung-kampung Melayu bagi mendirikan rumah pangsa untuk dijual kepada masyarakat bukan Islam. Penduduk dari kampong-kampung yang dibangunkan semula kemudiannya dipindahkan ke beberapa kawasan-kawasan lain dimana penduduk Islam tidak akan selama-lamanya boleh menjadi golongan majoriti. Bagaimanapun, langkah ini gagal untuk menukar pegangan masyarakat Islam dari agama mereka, namun mereka adalah sebahagian dari komuniti Singapura yang harmonis dan setia.
Dari buku ‘Singapore Story’ dan percakapan serta perbahasannya dia mencerminkan seolah-olah dia tidak bersikap perkauman dan cauvinis serta terus berselindung diatas kemajmukan dan meritokrasi. Disebaliknya tindakan Lee Kuan Yew sebenarnya memihak hanya kepada satu kaum sahaja. Dasarnya yang diwar-warkan tidak dinyatakan dalam bentuk perkauman tetapi amalannya mensasarkan ke arah tersebut. Mithalnya dasar kependudukannya secara terbuka adalah bagi menentukan majoriti kaum Cina, tidak akan terhakis pada bila-bila masa. Perkara ini dimaklumkan secara terus terang oleh pemimpin PAP.
Kenyataan mutakhir yang dibuat oleh Lee Kuan Yew telah mempertikaikan pegangan umat Islam terhadap agamanya seolah ada usaha halus supaya umat Islam tidak mematuhi ajaran Islam. Lee Kuan Yew menggesa umat Islam di republik berkenaan supaya 'tidak terlalu kuat berpegang kepada ajaran Islam' bagi membantu proses intergrasi dan pembangunan negara itu. Pandangan berkenaan boleh mengakibatkan orang Islam mengenepikan agama dan kepercayaannya. Alasan yang diberikan adalah kononnya bagi memudahkan proses integrasi dan pembangunan negara itu dapat dilaksanakan dengan lancar.
Malang sekali bagi kaum Melayu Islam Singapura mempunyai pemimpin yang bersikap prejudis dan bias terhadap umat Islam. Sikap Lee Kuan Yew selama ini terus sinis dan tidak percaya kepada orang Islam dan Melayu. Dia mengakui bahawa nilai Islam amat sukar dikikis daripada umat Islam republik tersebut. Masyarakat Islam mahu diintegrasikan dan menjadi warga Singapura yang baik dan berdisiplin tetapi tanpa meninggalkan pegangan dan amalan mereka kepada agama Islam. Apa yang menghairankan dan amat mengesalkan Lee Kuan Yew tidak langsung menghiraukan perasaan umat Islam yang memang pun golongan minoriti yang tidak terserlah penglibatannya dalam arus perdana Singapura.
Lee Kuan Yew selalu menggembar-gemburkan suasana ancaman negaranya berpunca dari negara-negara jiran Islam. ‘Siege Mentality’ ini telah membolehkan Kuan Yew menggunakan Islam sebagai alat untuk polisi pecah dan perintah (Divide and Rule) beliau dan melahirkan ‘psikologi takut’ kepada rakyatnya terhadap negara dan umat Islam. Dari sudut sejarah terbukti Singapura tidak berhadapan ancaman dari umat atau negara Islam samada dari luar atau dalam tetapi ancaman yang melanda Singapura sebenarnya berpunca dari puak komunis dan mereka yang berhaluan kiri atau kumpulan dari aliran sekolah Cina tahun 50an dan 60an.
Lee Kuan Yew juga cuba membangkitkan perasaan perkauman yang tebal dengan menggunakan Islam sebagai ‘punching bag’. Ini adalah satu provokasi serta boleh mengeruhkan suasana hubungan dua hala dengan negara jiran dan perasaan umat Islam secara keseluruhannya. Jelas sekali ia membelakangkan hasrat ASEAN dan semangat kepelbagaian dan kerjasama di rantau.
